کتاب «مجموعه آثار علامه جعفری (جلد ۱۵): علم و دین» در ادامه پروژه تدوین نظام‌مند آرای علامه جعفری عرضه شده است. این اثر به بررسی نسبت معرفت علمی با معرفت دینی می‌پردازد و می‌کوشد مسئله تعارض یا عدم تعارض علم و دین را از سطح مناقشات شعاری به سطح تحلیل مبنایی ارتقا دهد. ساختار دوبخشی و فصل‌بندی تفصیلی کتاب نشان می‌دهد که با متنی نظام‌مند و استدلالی مواجه هستیم که در آن تعریف علم، حدود آن و امکان پیوندش با حقیقت دینی به صورت روشمند بررسی شده است. ویژگی شاخص اثر، صورت‌بندی انتقادی مسئله علم‌گرایی و تلاش برای بازتعریف عقلانیت در افق الهی است.
در بخش نخست، هفت فصل به تبیین مفاهیم پایه اختصاص دارد؛ از تعریف علم و ویژگی‌های آن تا نسبت علم، فلسفه و دین با حیات معقول و نیز بحث از ثبات و تحول در قلمرو معرفت. نویسنده در این بخش بر محدودیت‌های معرفت تجربی و نقش پیش‌فرض‌های فلسفی در شکل‌گیری نظریه‌های علمی تأکید می‌کند و نشان می‌دهد که علم بدون تکیه بر مبانی متافیزیکی، توان داوری نهایی درباره واقعیت فی‌نفسه را ندارد. در بخش دوم که گستره مباحث آن وسیع‌تر است، موضوعاتی چون مرزهای علم و دین، مطلق‌گرایی علمی، ناتوانی علم در پاسخ به پرسش‌های غایی، نسبت فیزیک نوین با تفسیرهای فلسفی از واقعیت، و تبیین حقیقت دین شامل خدا، تکلیف و رستاخیز بررسی می‌شود. استدلال مرکزی کتاب بر این پایه استوار است که تعارض میان علم و دین، محصول خلط سطوح معرفتی و توسعه ناروا قلمرو روش تجربی به حوزه‌های فرا تجربی است. طرح مباحثی مانند آغاز و انجام جهان و تحلیل مفهوم قانون و فرضیه، خواننده را به بازاندیشی در حدود اعتبار علم و نقش آن در سامان‌دهی حیات انسانی فرا می‌خواند.
انسجام ساختاری، شفافیت در طرح مسئله و پرداختن هم‌زمان به فلسفه علم و الهیات، از نقاط قوت کتاب است. در عین حال، زبان فشرده و ارجاعات مکرر به مباحث فلسفی، مطالعه آن را برای مخاطب غیرمتخصص دشوار می‌کند. این اثر برای دانشجویان فلسفه دین، الهیات، فلسفه علم و پژوهشگرانی که در پی فهم نظری نسبت عقلانیت علمی و ایمان دینی هستند، منبعی درخور توجه است. اهمیت کتاب در آن است که می‌کوشد نشان دهد حیات انسانی بدون افق معنادار قدسی، به سطحی تقلیل می‌یابد که توان پاسخ‌گویی به پرسش‌های بنیادین معنا و غایت را ندارد.
